En 1562, moins de 2 mois après le massacre de Wassy qui marque le début des guerres de religion, la ville de Lyon fut, à la suite d’un coup de main, et pendant presque un an, gouvernée par un consulat à majorité protestante et tenue par le baron des Adrets, puis par Jean de Parthenay-Larchevêque, seigneur de Soubise, envoyé par le chef protestant Louis de Condé. Une exposition actuellement présentée aux archives Municipales de Lyon jusqu’au 27 février 2010, replace cet épisode dans le contexte de la vie politique, religieuse, sociale et culturelle de Lyon au XVIe siècle.
Lyon est alors un grand carrefour économique et culturel international, aux confins des routes européennes, venant des pays du Nord, d’Italie et d’Espagne, reliée au monde méditerranéen par la vallée du Rhône. Un des commerces les plus lucratifs est déjà celui de la soie et du drap. Les marchands allemands et suisses des villes passées à la Réforme s’y croisent à l’occasion de 4 foires annuelles, colportent les nouvelles et diffusent des imprimés venant de Genève où œuvrait Calvin. A la faveur de ces échanges, Lyon devient un foyer humaniste majeur, au point qu’on a pu la qualifier de « capitale intellectuelle du royaume« . Elle est le second centre d’imprimerie de France qui fait travailler environ un millier de personnes, réparties en 20 métiers, du correcteur à l’illustrateur. Cette activité est concentrée essentiellement autour de la rue Mercière, dans la Presqu’île, où habite la majorité des protestants qui constituent environ 1/3 de la population. Le collège de la Trinité est un lieu de diffusion des idées nouvelles. La plupart des pasteurs dont Pierre Viret viennent de Genève.