Le père de Philippe de Mornay était Seigneur de Buhy, près de Magny-en-Vexin. Mais comme il était le cadet, il reprit le titre de sa mère Françoise du Bec-Crespin, Dame du Plessis-Marly.
Particulièrement doué, le jeune Philippe de Mornay entreprit à seize ans, à travers l’Europe, de studieux séjours qui confirmèrent son goût pour la théologie et la controverse. De retour à Paris en 1572, il présenta à l’Amiral Coligny un rapport sur l’état des Pays-Bas qui le fit remarquer.
Echappé du massacre de la Saint-Barthélémy, c’est à Sedan, en 1575, chez le Duc de Bouillon, qu’il rencontra une autre réfugiée pour cause de religion : Charlotte Arbaleste et l’épousa.