Fils et frère de pasteur, converti au catholicisme pendant un an et demi puis revenu à la religion de ses pères, il doit s’exiler de son Ariège natal en 1670. Il part étudier la théologie à Genève, où il se sent davantage attiré par la philosophie. Il remplit alors des fonctions de précepteur en différents endroits avant de décrocher en 1675 un poste de professeur de philosophie et d’histoire à l’Académie protestante de Sedan, où il est sous la protection du théologien Pierre Jurieu. Lorsque cette Académie est fermée, en 1681, Bayle et Jurieu s’exilent à Rotterdam où ils enseignent à l’Ecole illustre, un petit établissement qui ne compte que quelques étudiants.